• Департамент управління приватизацією
• Департамент корпоративних фінансів
• Департамент банкрутства та припинення за рішенням власника
• Департамент оренди та розпорядження державним майном
• Департамент оцінки майна, майнових прав та професійної оціночної діяльності
• Департамент супроводження санкційного майна та майна на тимчасово окупованих територіях
• Юридичний департамент
• Департамент цифрового розвитку та ІТ
• Департамент ведення реєстрів та послуг
• Департамент внутрішнього аудиту
• Департамент економічної безпеки та ризик-менеджменту
• Департамент фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку
• Департамент управління персоналом
• Департамент комунікацій
• Управління корпоративних прав
• Управління моніторингу та менеджменту
• Управління законодавчого забезпечення та звітності
• Управління регіональної мережі
• Управління адміністративно-господарської роботи
• Управління документального забезпечення та контролю
• Управління євроінтеграції та міжнародного співробітництва
• Управління запобігання та виявлення корупції
• Управління організаційного забезпечення роботи Фонду
• Управління підприємств агропромислового комплексу
• Режимно-секретний сектор